En los mares existen un gran número de organismos que se asientan en las zonas de mayor productividad de los ecosistema marinos: los arrecifes coralinos, estos, con su pequeño tamaño pero con gran población, se encargan de la productividad de oxígeno,
El arrecife de mayor longitud es la Gran Barrera de Arrecifes, en la costa de Queensland en Australia: tiene más de 2.000 km², y es una de las construcciones naturales más grandes del mundo. La región del mundo con más especies de corales y más biodiversidad en sus arrecifes coralinos es el Triángulo de coral, en el sureste asiático, que incluye más de 500 especies de corales (el 76% de las especies coralinas conocidas) y al menos 2.228 especies de peces.
El segundo arrecife coralino más grande del mundo, el Arrecife Mesoamericano (a lo largo de la costa de México, Belice, Guatemala y Honduras), se encuentra en el mar Caribe, y se extiende por más de 700 km desde la península de Yucatán hasta las Islas de la Bahía en la costa norte de Honduras. Aún cuando mide un tercio de lo que mide la Gran Barrera Arrecifal de Australia, el Arrecife del Caribe Mesoamericano alberga una gran diversidad de organismos, incluidos 60 tipos de corales y más de 500 especies de peces. En 1998, el Fondo Mundial para la Naturaleza (WWF, por sus siglas en inglés) identificó al arrecife del Caribe mesoamericano como un ecosistema prioritario y una eco-región de importancia global, por lo que comenzó un esfuerzo de conservación del arrecife a largo plazo.
Los arrecifes de coral están en descenso en el mundo entero. Las principales amenazas localizadas para los ecosistemas coralinos son la extracción de coral, la escorrentía agrícola y urbana, la contaminación de orgánicos e inorgánicos, la sobrepesca, la pesca con explosivos, las enfermedades coralinas y la excavación de canales de acceso a islas y bahías. Las amenazas más amplias incluyen el aumento de la temperatura del mar, la subida del nivel del mar, y el cambio del pH debido a la acidificación de los océanos, todos asociados con las emisiones de gases de efecto invernadero. En 1998, el 16% del total de arrecifes de coral murieron como consecuencia del aumento de la temperatura del mar.
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